Ciao,
per i dischi che hai già acquistato, tutto dipende (come ti ha chiesto correttamente PiaNi ed a cui non hai risposto) dallo spazio che OGGI ti serve.
Come prima ipotesi, io metterei su un raid 1 fra disco attuale ed un secondo disco (slot2): lo spazio disponibile sarà sempre da 3TB ma avrai per prima cosa la certezza che il NAS continui a funzionare anche se uno dei 2 si dovesse guastare.
Fatto questo, SE E SOLO SE ti serve più spazio, passi da raid1 a raid5 (con il tuo NAS non puoi fare il passaggio diretto disco singolo --> raid 5, ma devi per forza passare per un raid 1 "intermedio"): il raid 5 a 3 dischi (quindi slot 4 vuoto) ti darebbe il doppio di spazio del raid1, quindi 6TB.
I due passaggi (disco singolo --> R1 e poi R1-->R5 e che NON impongono la cancellazione di quanto già presente nel NAS) si chiamano migrazioni del livello raid, e sono spiegate del manuale:
http://files.qnap.com/manualpdf/4.3/cat ... SMB_it.zip
Quindi, alla fine, o hai un raid1 (2 dischi, 3TB complessivi) o un raid5 (3 dischi, 6TB complessivi).
In entrambi i casi, il quarto disco lo metti esterno, tramite o un box usb 3.0 oppure uno di quei bay in cui infili il disco dall'alto (Amazon ne è pieno, e viene visto dal NAS sempre come se fosse un box esterno).
Tramite l'app HybridBackupSync3 (da installare sul NAS), "progetti" la tua strategia di backup che, con le tempistiche che credi migliori (eventualmente anche con un avvio manuale del processo), effettui una copia dei dati di determinate cartelle del NAS verso cartella/e del disco esterno.
Per fare questo, sarebbe meglio che tu creassi un utente limitato (per farlo, fai sempre riferimento al manuale) in modo che le destinazioni sul disco esterno siano viste SOLO da tale utente (che non farà altro se non "lavorare" con la HBS3) e nemmeno admin sia in grado di accedervi.
Infine, sarebbe meglio anche che il disco esterno fosse disponibile per il NAS solo per il tempo necessario al backup stesso: io ho messo un timer cinese da pochi euro che dà corrente al disco solo quando necessario.
Per iniziare, basta e avanza, e così, nel frattempo, impari a gestire i dischi e le migrazioni, creare utenti e gestirne le credenziali, modificare gli accessi a cartella, studiare il "chi fa cosa" tramite i registri....
Se vuoi approfondire come funziona un raid 5 (capire il funzionamento di un sistema quanto più nel dettaglio possibile non fa mai male

) c'è questo luuuuungo post che ho scritto recentemente (ideale anche per prender sonno quando Morfeo desiste dal palesarsi

):
viewtopic.php?f=13&t=17617